En Netbattle, como es de 3a generación, la diferencia es la siguiente:
-Para saber cuanto daño hace un ataque de tipo físico (Normal, Lucha, Veneno, Tierra, Volador, Bicho, Roca, Fantasma y Acero), se toman en cuenta varios valores, unos de los más importantes son el ataque del que ataca y la defensa del que recibe el ataque.. Si el ataque es de tipo especial (Fuego, Agua, Eléctrico, Dragón, Planta, Hielo, Psíquico y Siniestro), en vez del ataque y defnsa, se tienen en cuenta el ataque especial y la defensa especial.
Por ejemplo, si un Pokémon tiene 500 de ataque y 2 de ataque especial, Ataque Rápido podría quitar más que Triturar.
Si el que recibe el ataque tiene 500 de defensa y 2 de defensa especial, quitaría más Impactrueno que Terremoto.
Todo esto sin tener en cuenta niveles, tipos y otras variables.
Para lo de los IVs y EVs, puedes entrar en Pokéxperto (ahora no te puedo poner el link porque no me va la web) o mirar
esta guía (la de tercera generación).
Espero haberte ayudado.